Program Studi Pendidikan Agama Islam sebagai salah satu program studi yang ada di Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Jakarta sangat sadar dan peduli akan mutu akademiknya. Upaya peningkatan mutu akademik di Program Studi Pendidikan Agama Islam terus-menerus dilakukan sejalan dengan perubahan dan inovasi serta tekad Universitas Muhammadiyah Jakarta (UMJ) untuk menjadi perguruan tinggi yang lebih dinamis dalam merespons berbagai persoalan masyarakat dan bangsa. Sebagai wujud dari tanggung jawab tersebut, maka dilakukan langkah-langkah penataan UMJ dalam menghadapi persaingan yang semakin ketat dengan melakukan perubahan di berbagai bidang yang bukan hanya sebatas wacana tapi implementasi dari perubahan tersebut secara menyeluruh di lingkungan UMJ. Untuk itu pada tahun 2013 atas persetujuan Senat UMJ, maka terbitlah Renstra dan menyempurnakan Statuta UMJ yang lebih dinamis dan fleksibel terhadap perubahan dan perkembangan dunia pendidikan tinggi. Perubahan ini adalah salah satu bentuk upaya dalam menerapkan dan mengembangkan Sistem Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi (SPM-PT). Dengan adanya Renstra dan Statuta UMJ tahun 2013, standar Akademik Universitas dan Fakultas yang ada di lingkungan Universitas Muhammadiyah Jakarta menyesuaikan dengan perubahan tersebut.

Program Studi Pendidikan Agama Islam sebagai salah satu program studi yang berada di bawah naungan Fakultas Agama Islam UMJ dalam menjalankan kegiatan sivitas akademikanya berpedoman pada Renstra dan Statuta di samping standar akademik universitas dan fakultas bagi penyusunan visi, misi, tujuan dan sasaran. Termasuk tata pamong, sumberdaya manusia, prasarana dan sarana, keuangan, sistem informasi, kemahasiswaan, kurikulum, sistem penjaminan mutu, sistem pengelolaan, lulusan dan mutu program studi.

Standar Akademik merupakan pernyataan untuk mengarahkan penyusunan rencana dan pelaksanaan program studi. Di samping itu, Standar Akademik merupakan landasan bagi pengembangan program akademik, sumberdaya akademik, prosedur kegiatan akademik dan evaluasi akademik program studi.